El problema de jugar con el Classic Controller (o al menos eso es lo que me ocurre a mí) es que, al estar conectado al Wiimote, chupa pilas que no veas. Por eso he decidido usar el mando de Game Cube para casi todos los emuladores.
Respecto al Snes9x GX, ya he probado unos cuantos juegos y todos rulan bien. Junto con RetroArch, el mejor emulador en Wii para jugar al Cerebro de la Bestia.