Pues yo estoy del otro lado. He tenido tanto ATi como Nvidia, y mira, que me quedo con ATi. Tengo una HD3870 de 512 con GDDR4, y me va de perlas.
El único problema en linux ha sido con OpenSuSE (imposible hacer funcionar el compiz sin obtener pantallazo blanco, hoygan), y en Ubuntu 8.10 (por el tema de drivers privativos vs. la manía de Ubuntu de incluir lo último de lo último sin mirar si va bien si dichos drivers soportan el último servidor X.org).
En ubuntu, con compiz activado me parpadeaban los videos, pero hace cosa de 7 meses con una actualización de drivers, dejó de pasar y empezó a ir todo fino fino (no se como está la cosa ahora porque hace meses que no uso Ubuntu, pero según leí en theinquirer hace poco, sacaron una nueva versión que mejoraba la hostia).
Eso si, el rendimiento 3D tanto de efectos como de juegos, me ha ido de lujo siempre. Además con lo de composición de video y tal, las ATi son mucho más potentes, por no mencionar el precio.