Lo mejor, en términos de comodidad, es una única partición en un sistema de archivos que sea compatibe con todas las apps que vayamos a usar:
Nintendont solo funciona con FAT32 y recientemente se ha añadido exFAT.
Devolution necesita FAT32.
Los loaders de backups de Wii, podemos optar por WBFS y FAT32. Los más actuales también NTFS.
Por otro lado, neek2o para la emuNAND necesita FAT32.
Emuladores, FAT32 y, quizás, NTFS.
Otras apps, sobre todo aquellas que no se hayan actualizado en varios años, FAT32.
Por tanto, si queremos tener almacenado todo en el mismo dispositivo...