Bueno, creo que ya te has informado y sabes que jamás quedará como al principio.
Es difícil ayudarte con lo que explicas, pues como tú mismo lo has dicho hiciste el proceso de manera mecánica, sin saber lo que instalaste. Si tú no sabes lo que modificaste mucho menos nosotros.
Si enlistaras que tutoriales seguiste, que has instalado y que deseas eliminar quizá haya más posibilidades de ayudarte.
Normalmente los cIOS se actualizan al instalar uno nuevo, pero siempre y cuando sean los mismos. Si modificaste la apariencia supongo que instalaste Softmii, así que supongo que toqueteaste bastante la Wii.
Actualizar de manera oficial no borrará todo ni la dejará limpia, puede que haya cosas que desaparezcan pero otras no.