el entorno de ventanas puede que se parezca a un windows, pero el SO no se parece nada. en linux los ejecutables pueden tener cualquier extension, solo tienen que tener permisos de ejecutable.
me explico: en windows/dos y similares los ejecutables son los *.com, *.exe, *.bat, *.pif y *.dll, pero en linux no. tu puedes hacer un pepe.txt y luego con la orden 'chmod +x pepe.txt' el fichero ya es ejecutable. que luego contenga algo sensato o no, ya es otro tema, pero por ejemplo si el txt contiene comandos de linea de comandos, pues hacer ese *.txt ejecutable seria el equivalente a haber hecho un *.bat de msdos, es lo que se llama un shell script, y lo ejecutarias poniendo 'pepe.txt' en la linea de comandos. por eso te decia que miraras con el 'ls --color=yes' si te salia en verde, que es el color de los ejecutables. si el nombre del fichero es install? pues tu te vas y en linea de comandos pones '.install?' y si es ejecutable, se ejecutará, y si no lo es, dara un error.
lanzar programas desde las X no es trivial, no se instalan por defecto ahi muchos de ellos, lo que se hace es abrir una ventana de comandos dentro de las X y desde ahi llamar por comando al ejecutable, que si funciona con ventanas se te abrirá en las X y si funciona en modo texto se te abrira en la misma ventana de comandos desde la que lo has llamado.
si suena a que queda complicado.. es que lo es un poco al principio, lo admito. linux no es muy amistoso al principio, lo es cuando le tomas confianza.
salu2!