No deberias tener ningún problema. Si las 2 son atx, el problema puede venir por el tamaño maximo que admite para la grafica, o la altura del disipador. Pero eso suele estar indicado en las especificaciones de la caja.
...un consejo. Yo no compraria una caja con ventiladores de mas de 140mm, ni de menos de 120. Y ten en cuenta que esos que trae, seguramente serán regulares o malos.