Tienes que abrir una ventana de ms-dos y teclear:
gep rom.gba rom2.gba
Siendo rom.gba el nombre de la rom que no puede salvar partidas y rom2.gba la rom modificada para poder salvar las partidas.
Luego tienes que grabar al cartucho la rom2.gba.
P.D: No lo he probado con todos los juegos, con los que seguro que funciona son con el Mario Advance y el Final Fight.
Si no te funciona puede ser que haya una versión más nueva por algún sitio.
Suerte y ya nos dirás.