No soy un experto en el tema, asi que lo que digo puede estar mal.
"Install Packages" lo que hace es instalar 'programas' como los cargadores o los parcheadores al vuelo. Una vez que instalados los programas, ya no necesitas esa opcion. CREO aunque no estoy seguro, que si instalas la version oficial, la opcion de "install packages" desaparece, pero lo que hayas instalado permanece. Alquien con mas idea que indique si estoy en lo cierto o no. Tambien puede pasar que luego no funcionen al ejecutarse un un firmware oficial y no en el custom.
P.D. Si el quitar la opcion es para que no detecte que esta la consola tocada, no creo que sirva de nada quitar la opcion. Yo no me molestaria en quitarla.