Lo que hace todo eso es limpiar los datos de configuración de la BIOS. La BIOS nunca se borra o modifica en sí misma, a no ser que lo hagas usando el programa de actualización.
La idea de eso es, simplemente, por si tienes algún problema de configuración o si la BIOS después de realizar la actualización / downgrade te muestra algún error de configuración que evita que arranque el PC. Con resetear los datos a fábrica (limpiar el CMOS) sería suficiente.