Hola.
No sé si conseguiste solucionar tu problema, pero yo tengo algo parecido.
Me he pillado una 2DS y una flash R4 (aunque desconozco si es original o no). El tema es que el kernel lo he instalado y corre bien, en teoría, pero no me ejecuta los juegos 3ds, sin embargo los de la DS antiguos sí. No sé qué podrá ser o si es que la tarjeta no soporta esos juegos. La verdad que estoy muy perdido en estos temas.