¿Has mirado si tienes la última versión del firmware instalada?
Recuerda que muchos flashcards necesitaron actualizaciones de firmware para funcionar cuando salió la versión 2.0 del firmware de la 3DS.
No creo que tenga que ver con la SD, porque con los dispositivos que admiten SDHC, puedes usar tarjetas de hasta 32 GBs creo.
Mira a ver qué firmware tiene tu flashcard, y luego mira a ver en su web oficial si hay alguna actualización.
De todas formas, como sea que necesitas un firmware superior para que te funcione el flashcard, dado que tienes la 3DS según dices actualizada a la 2.1.0, como no tengas otra DS por ahí... lo mismo no puedes actualizar el flashcard, porque supongo que necesitarás poder arrancarlo para actualizar el firmware.
Salu2 and good luck.