primero que nada el save debe de ser para R4 porque si es de otra flashcart no va a funcionar y para meterlo en memoria tienes que ponerle el mismo nombre que tiene el juego.
para que los archivos queden asi:
ejemplodejuego.nds
ejemplodejuego.sav
y eso es lo que tienes que hacer
saludos y espero que te funcione