Pues todo depende, si no tienes CFW (ejem: Luma3DS) probablemente no funcionara.
Por el contrario, si usas Luma3DS en sus ultimas versiones, esta deberia de funcionar sin problemas.
Las Flashcards que fueron compatibles con dsi la mayoria de las veces no presentan problemas en 3ds+luma3ds. Pero como ya lo dije, si no usas CFW es muy probable que esa flashcard no funcione.
Salu2