Pues segun el manual soporta:
Audio: MP3 (*.mp3), WMA (*.wma).
Video: MPEG4 (divx), MPEG2 (*.vob), MPEG1 (*.dat)
Imagen: JPEG (*.jpg)
Archivos MP3: ISO 9660 o ISO 9660 + Formatos Jouliet
Tipos de archivos no soportados:
MP3 PRO, .acc, .dlf, .m3u, .pls, y archivos con DRM
Discos no soportados: Discos con sesion abierta.
Es es la información que trae el manual referente a formatos soportados.
Una pregunta, el hecho de que no funcionen puede deberse a que los grabo en multisesión?. Es que eso de que no soporta discos con sesión abierta me suena a multisesión xD
Para poner todos los formatos que me permite aTube Catcher 2.9.909 me llevaria mucho tiempo, pero he probado todos los minimamente conocidos (mp3, mp4, wmv, todos en los que ponia MPEG sea 1, 2, 3, 4...etc).