No te preocupes, no es culpa de tu consola
Esto se debe a que cada juego está mejor o peor optimizado para la ps3. Has puesto buenos ejemplos:
1.- MGS4 un juegazo, unos graficos tremendos y muy optimizado para la ps3
2.- PES2008 una optimización pésima, la ps3 no puede moverlo por lo mal echo que está (no porque realemnte se haya quedado la ps3 "anticuada")
Que un juego esté mejor o peor optimizado depende única y exclusivamente del estudio que desarrolle dicho juego no de tu ps3.
Un saludo.