Yo quitaría los.filtro bilinear que suele llevar retropie, si sigue pegando tirones , instalaría una versión de snes9x más antigua desde el repositorio(creo que hay algunas como snes9x fast)
Igualmente según he leído.la.pi3 no llega al 100% de la snes (si lo que quieres es bajo lag, calidad sonora excelente y compatibilidad 100%)
Otra opción es instalar el batocera que los emus que llevan suelen estar más optimizados que retropie.