Buenas.
No conozco lakka así que no te puedo responder directamente, pero el PI2SCART funciona de la siguiente forma (en la distribución regamebox que es la más sencilla de usar):
1. Cargas un juego.
2. El sistema va a una tabla donde aparece el juego y la resolución nativa para el mismo.
3. El sistema va a una tabla de resoluciones y aplica un hdmi timing para esa resolución.
4. Cuando sales del juego aplica la resolución del config.txt
A no ser que tengas conocimientos avanzados y muchas ganas de enredar, te diría que no usases lakka en pi2scart, mejor una versión del último retropie adaptado que funciona perfectamente o el regamebox.