En líneas generales, Retropie es más completo que Recalbox, pero... dependerá de para qué lo quieras utilizar.
Recalbox es más sencillo de configurar, pero también más limitado. Por ejemplo, a la hora de utilizar themes en EmulationStation, Retropie y Recalbox usan versiones distintas, por lo que los temas pueden no ser compatibles entre ellos.
Para una máquina arcade, sin embargo, me encontré con una limitación en Retropie que me impedía jugar con resoluciones independientes entre EmulationStation y con los emuladores, lo que en Retropìe me generaba un problema importante de visualización (o veía bien los menús, o veía bien los juegos) que Recalbox resolvía, con lo que terminé montando Recalbox en ella. Pero estamos hablando de un caso específico en el que trabajaba en 240p con un monitor arcade.
Y en Retropie hay una comunidad mayor, lo que se traduce en un mayor nivel de documentación que en recalbox.
Para instalaciones funcionando con TFT en 1080p, con retropie estoy encantado.
Así que te diría que si te apetece trastear y aprender, mejor Retropie que Recalbox.
Lakka no lo he usado, así que no opino.