Recodificar audio a más de 640 Kb.

640Kbps es una barbaridad de bitrate.

Luego aparte, ¿de que formato a que formato sera la recodificacion?, y ¿de que bitrate es el audio original?, porque no tienes caso querer pasar de un formato de audio comprimido con perdida a un formato sin perdida, porque el audio original ya tiene perdida de informacion, asi que la recodificacion seguira con perdida de informacion [p.e., de mp3 a ogg o flac], o bien, si es una codificacion con bitrate bajo de nada sirve pasarlo con un bitrate mayor, porque lo unico que se gana es un peso de archivo mayor que el original, pero la calidad sera inferior a la del original [con cada recodificacion se degrada la calidad]

Dolby Digital [archivos AC3] por si mismo es un formato con perdida, DD+ [archivos EAC3] ya tiene menor perdida pero sigue teniendo perdida y DD-TrueHD ya es un formato sin perdida [EAC3 de nuevo pero en su version mas reciente]. 640Kbps es el tope para DD en 5.1 a 48KHz/16bit, si buscas mas seria usar un encoder DD+/DD-TrueHD que permite bitrates de varios Mbps, pero como decia en el parrafo anterior, si es pasar un DD a un DD+ no tiene sentido por mucho bitrate que quieras usar.

Otra opcion es pasar a DTS que permite birtates algo mayores a DD

Ahora no se si quiza te refieras a lo contrario, que tienes un audio en DD+/TrueHD y quieres bajarlo a un DD de 640Kbps

Sería un original Dolby atmos 3102 ks/s 48,0 kHz dolby true Hd vith Dolby atmos y lo ideal sería pasarlo a DTS
5.1
tambien alguna serie, que ya viene a768 Kb/s 48,0 kHz 6 canales E-AC-3 JOC (DD plus with Dolby atmos)
yo la verdad con el codec AC3 (lav) a 640 le noto como que suena peor

Hmmm...
¿Que reproductor usas?, porque sera mas cosa del decoder que del bitrate o formato de audio

uso el.de la.tele directamente, por usb

Y entonces ¿que es 'lav'?, sera ¿lavfilters?

No termino de entender, usando el reproductor del televisor con audio en DTS es lo mismo que decir que no te importa el multicanal y solo quieres el audio estereo, y entonces ¿porque no mejor codificarlo en AAC estereo?, claro, debes hacer el downmix para mezclar los 6 canales del audio en un sonido estereo donde no se pierda ni las voces ni los sonidos ambientales y de musica de fondo.

I si, ya lo habia dicho en otros de los post de alguno de tus temas, DD+ es en series y DD-TrueHD es en BRD sobre todo cuando se emplea para sonido ATMOS.

A esto sigo pensando que es tema del decoder [del televisor], pero tambien del ecualizador del televisor. Y para el sistema de audio del televisor, pues 640kbps o mayor, o menor bitrate no debe ser mingun problema de que se escuche mal, como decia eso lo veo mas tema del decoder o del ecualizador.

A esto ¿conque version de MKVMerge crearon esos MKV [con mediainfo lo averiguas]?, porque si es una version muy reciente quiza el splitter del reproductor integrado tenga problemas de enviar correctamente los datos de audio durante la reproduccion, ahi seria remultiplexar los archivos con una version anterior de MKVmerge. Esos errores syuelen pasar con los aparatos reproductores [dvd/brd players, reproductores inmtegrados, etc.] en reproductores por software pues suelen actualizarse y listo, ya manejan bien los archivos mkv creados con versiones recientes de mkvmerge [mkvtoolnix]

versión 4 pone,
el caso sería, que programa puedo usar para coger ese Dolby atmos y pasarlo a DTS con la mejor calidad?

Encoder a DTS gratuito años y años que no veo ninguno y repito, eso suena a mas problema del ecualizador que configuraste en el televisor y/o problema del decoder, o igual problema del splitter que no esta haciendo bien su tarea de enviar lso datos de audio al sistema de audio debido a que la version del mevmerge que emplearon en el RIP es demasiado reciente.