Algun multiplexor, por ejemplo MKVMERGE [que es parte del paquete MKVToolNIX], especificas el tiempo o frame de inicio y tiempo o frame final. Un multiplxor no es un software con encoder, asi que no rcodifica nada.
AVIDEMUX o el viejo VitualDUB o sus variantes y como te dicen la opcion de COPIAR STREAM, y en si cualquier software de edicion de video con la opcion TRANSCODE. El video final de salida lo debes especificar exactamente con las mismas caracteriticas del video original para que el software no lo recodifique y solo haga una copia [transcode] del pedazo que has elegido.
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