Vayamos por partes, yo no uso el Clone cd, pero sí el CDRWIN, y con el WINME, no he tenido ningún problema. Respecto al sistema, he de decir por una vez en la vida, aunque me sepa mal decirlo, que mi sistema se ha vuelto un pelín más estable, y el arranque del ordenador, se ha accelerado notablemente.
El problema que tuviste con el W2000 es normal, ese SO esta orientado a servidores y empresas dedicadas a redes, no para uso personal y domestico, por lo que las compatibilidades con determinados softwares, se la sudo un huevo a los de Microchof.
Conclusiones: Si estas aburrido instalatelo, siempre puedes desinstalarlo. Yo aun no he formateado el HD, lo instalé encima del WIN98.
Salu2 y ya contarás el desenlace