¿recomendacion de distro? Pues cualquiera. O una Ubuntu Server, o un Debian desde netinstall o una ArchLinux o CentOS...
FreeNAS esta basado en FreeBSD. La interfaz web que lleva es para manejar servicios, no esperes poder manejar el mundo desde web... Sirve para levantar, parar y reiniciar servicios. Y poco mas.
¿Mi recomendación? Debian, un par de manuales y una cerveza
Para escritorio remoto, yo lo hago todo por consola, pero si quieres por gráfico, pues o un vnc, o un ssh -X. Que lo quieres via web... pues lo único que conozco es webmin (que por cierto no me gusta). Luego tienes las interfaces web propias de los programas, como la de jdownloader ( viene pre-instalada), torrentflux (para torrent) y amuleweb (para el emule, obviamente xD). Si te haces un pequeño html para tener acceso a las 3 desde una sola web, ya tienes tu "panel de control" hecho.
Pero ojo, todo esto desde la LAN. Si lo abres hacia internet, lleva cuidado con que servicios sacas y si lo sacas (por ejemplo tu "panel de control") asegúrate de que les has puesto una contraseña antes para que no te puedan "putear"