No sé si estarán catalogados como thrillers históricos, pero varios libros de Arturo Perez Reverte están ambientados en épocas de España y tienen una trama interesante de suspense.
El Maestro de Esgrima.
La tabla de Flandes.
Échales un ojo.
Por otro lado tienes "La sombra del viento" ambientada en Barcelona.
