Um lo que pasa es que en enso 3.65 al reconstruir la base de datos te resetea el config de ur0 y te lo vuelve a crear en ux0 por lo qué todos los plugins incluido el de sd2vita dejan de funcionar y te lee lo que hay en la tarjeta oficial.
Lo bueno es que si tienes vitahell solo entra a ur0:/tai y vuelve a editar el config añadiendo las lineas de todos tus plugins guardas, depues te vas a ux0 y borras la carpeta tai de esa particion, reinicias la consola y te vuelve a actualizar la base de datos con todas tus aplicaciones que tenias, solo que hay que volver a acomodar todo.
Yo lo que hago cuando tengo que recontruir la base de datos es crear una copia del config de ur0 y guardarlo en otra carpeta en ur0, luego reconstruyo la base de datos coloco mi respaldo de config en ur0 tai y borro la carpeta tai de ux0 y ya solo reinicio y vuelve a agarrar todos los plugins y las apps en la sd2vita, pero siempre es importante tener vitashell en la memoria oficial de vita por cualquier cosa.