Pruébalo y sales de dudas...
Hay programas que están íntimamente ligados al hardware, en los cuales puede afectar, pero también es posible que no, o que simplemente modificando alguna opción de la configuración del programa sea suficiente.
Sin más datos no se te puede decir nada en concreto, además que dependiendo del software que uses tendría que darte la opinión alguien que también use esos mismos programas. Lo más evidente, si es hardware totalmente distinto, es que tengas que desinstalar los drivers de componentes del equipo antiguo e instalar los drivers de los componentes del nuevo equipo, pero eso tampoco creo que sea mayor inconveniente, siempre que luego el software funcione bien, claro, pero es que eso hasta que no lo pruebes no lo sabrás.
Saludos.