Vale, muchas gracias. Al final llame al SAT y en 20 minutos indicandome por telefono tenia el problema solucionado. Pongo aqui la solucion por si a alguien le sirve en algun momento.
Entras a la carpeta que crea Time Machine en el disco duro externo. Buscas la ultima copia de seguridad (vienen ordenadas por fechas) y buscas tu usuario. Despues buscas la carpeta "Library" y de ahi buscas la carpeta "Mail". Simplemente la copias sustituyendo la que tienes en "Libreria" de tu usuario actual. Para entrar a esta libreria, desde finder, en la barra de herramientas buscas "Ir", y despues con la tecla alt pulsada buscas libreria. Alli sustituyes la carpeta y ya tendras todos los correos recuperados.
Si ademas, como es mi caso entre la ultima copia de Time Machine y el momento en el que quieres restaurar has enviado/recibido emails que quieres conservar, antes de sustituir esta carpeta debes exportar los buzones que quieras guardar. Esto se hace desde la aplicacion email, en la barra de herramientas, en la opcion "Buzon".
El SAT increiblemente bueno. Me reafirmo como usuario de Mac.
Un saludo.