Recuperar datos de un disco duro - ¿que orden sigo?

Veamos:
Tengo un disco duro formateado en FAT32, hasta aqui bien.
En el ahi un monton de datos, resulta que poniendo "none" en la BIOS, tanto windows como Linux me lo reconocen, pues me dije ayer: "mañana ya pongo a copiarlos al disco grande, por si acaso"
Lo de none viene a que entre un kernel panic que me salta o un grub error 17, no salgo, asi que tirando con eso.
El caso es que hoy lo he intentado poner y para mi sorpresa han desaparecido ... el final, las ultimas carpetas.
El caso es que con saber el nombre (si se podrian recuperar serie genial, pero bueno...) de los archivos para volver a buscarlos me valdria, pero hay una carpeta, por ejemplo que ha pasado a ser un archivo o_O, y claro, el scandisk de windows es una caca.
Por ello pregunto:
Que orden es mejor, más correcto, para llegar a ver que archivos tengo:
fsck - programa de recuperacion de datos
programa de recuperacion de datos - fsck

Por cierto, el fsck me salta Delete LFN, Drop directory... espero no liarla mucho.
Pues eso, ¿orden? gracias, hasta luego.
No estoy seguro pero metiendo un LiveCD como Knoppix y arrancando desde él supongo que se iniciaría no?

Si te entrase metes un Disco Duro extraíble y lo pasas todo. Almenos es una solución.
Al final decidí redimensionar la particion /home, pero me encuentro con el problema siguiente, y necesito saber si lo que voy a hacer va a funcionar...
Resulta que tengo 4 particiones primarias:
/boot ; swap ; / ; /home

Hasta aqui bien, entonces he redimensionado la de /home para hacerla más pequeña, pero resulta que luego vi, recorde, que solo se puede tener cuatro particiones primarias.
El caso es el siguiente:
FORMA A:
1º Instalo el driver ntfs-3g
2º Copio desde linux los archivos de /home a la de ntfs
3º Elimino /home, y la dejo entera para, desde windows, recuperar los datos con algun programa (copiando antes los que se dejen)
4º Esa particion sera NTFS porque FAT32 no sirve ni para un par de dias.


FORMA B:
1º Instalo el driver ese para copiar de ext3 a NTFS (realmente es para explorar, pero...)
Aunque no me convence, ya que la ultima que lo puse pues creo que no me respetaba los directorios.
2º Copiar los susodichos archivos
3º Eliminar /home, y bla bla bla.
4º Particion y tal.

Pues basicamente la pregunta es: ¿Cual es la forma menos dañina? el plan A o el plan B, es decir, ntfs -> ext3 ó ext3 -> ntfs
Gracias, hasta luego.
NOTA: Formatear no es la solución, que Gentoo tiene la pequeña mania de compilar todo, y le cuesta.
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