No hables de cómo has adquirido esos juegos, se considera piratería y se habla de ello en el post que el compañero te ha citado. Esa app que mencionas, al usarse para adquirir copias ilegales, está prohibido hablar de ella, mencionarla o pedir ayuda con respecto a los backups que has obtenido a través de ella.
Respecto a recuperar los backups que ya tenías instalado nada puedes hacer, solo borrar la carpeta Nintendo 3DS para liberar espacio de la SD y reinstalarlos de nuevo.