A ver, un par de "ayudas"...
Primero, coje algún programa como el hacha o parecido, y parte el SAV en dos ficheros de 256k, Ficheros A.sav y B.sav. Una vez hecho, haz desde una ventana de MSDOS: "copy /b A.sav+A.sav AA.sav" y "copy /b B.sav+B.sav BB.sav" (sin las comillas). Prueba los dos SAV nuevos creados AA y BB.sav a ver si te funciona.
MOTIVO: los SAV de pokemon están divididos en 2 partes, que creo que se van escribiendo de forma alterna (como una especia de seguro por si alguna vez falla la grabación, siempre tienes una partida más antigua), si partes el fichero, teoricamente tienes una parte corrupta y una buena. Puede ser que no, pero si el pokesav te muestra cosas, puede que no tengas todo perdido.
Segundo, creo que el pokesav te permite jugar con esos dos SAVES dentro del SAVE. Ve jugando también por ahí.
No se si te ayudará, pero un consejo que SIEMPRE funciona en estos casos. Saca la microSD regularmente y HAZ COPIA DE SEGURIDAD DE TODOS TUS SAVES. No cuesta nada ir haciéndolo cada semana, por ejemplo.
Un saludo