Con Mkvtoolnix (concretamente con su herramienta Mkvmerge) puedes extraer y acoplar audios.
Cogerías el vídeo al que sacarle el audio, le extraes el audio, y se lo incorporas al otro vídeo (quitándole el audio que el vídeo destino tiene nativamente, aunque creo que incluso podrías dejarle 2 pistas de audio para cambiarlas y escoger la que quieras).
Ahora bien, quizás te dé problemas pasar el audio de un vídeo a otro porque igual están en distintos formatos... pero no lo tengo muy segurio, creo que para simplemente meter pistas de audio no hay problemas con formatos.
Otra cosa que puedes hacer, es con ese programa sacar la pista de audio, pero luego en vez de meterla en el segundo vídeo con el mismo programa, hacerlo con un editor lineal de vídeo (KDEnLive, Pitivi, Sony Vegas, Movie Maker) ya que eso además te permitiría ajustar la pista en tiempo, ya que pasar la pista de un vídeo a otro, si los vídeos no están perfectamente sincronizados (es decir, que la imagen y audio que aparecen en el segundo X de un vídeo son exactos a los del mismo segundo X en el otro vídeo) tendrás desfase de audio.