Uf, no recuerdo ahora, pero era de lo mas sencillo y cutre el script.
Solo tenia algo como: service minidlna force-reload
Pero desconocia lo de que cortava el video si estavas reproduciendo algo.
Otra opcion seria configurar el crontab para que lo ejecutara en cada inicio y no en tiempo.
Yo lo que detecte..es que minidlna no me reconocia las carpetas nuevas si no hacia un force-reload, pero las carpetas ya creadas, si le ponia archivos nuevos si los detectava sin rehacer la BD