Al prototype sí puedes seguir con las misiones secundarias.
Yo solía llevar al día los retos de "comer gente" (vete a tal base a consumir a tal paisano) que te dan mejoras sobre las armas, pilotaje, etc.
El resto, pues... según cuadraban. Los hay que son mucho más fáciles de hacer en una parte avanzada de la partida, cuando ya has mejorado los poderes y tal.