Seria mas sensato preguntar en los foros del nexus, ya que en ellos podran ser mas especificos y darte los pros y contras, aunque algo te puede adelantar:
Perder funciones, claro que se perderan algunas, que son las asociadas al SHELL del windows [explorer.exe]
¿que funciones exactamente?, sera investigues que funciones vienen asociadas al explorer, aunque seguro la nueva SHELL que has elegido tendra algunas iguales y puede algunas nuevas y mejores.
¿negativo a la PC?, no o si, la verdad tu seras el unico que diga si te gusto o no te gusto, pero que deje de funcionar la PC, pues no.
Pero como decia, ve a la pagina del desarrollador de Nexus y pregunta.