No estoy muy puesto en el tema, pero si le debían ese dinero... me da que no es ninguna indemnización, es un sueldo. Atrasado, pero sueldo.
En el curro he visto de todo con las parejas de compañeros/as. Algunos han cobrado los atrasos como sueldo de ese mismo año y al siguiente lo declaraban normalmente. Otros han cobrado los atrasos con fecha del atraso y además de la declaración normal han tenido que hacer una rectificativa (se llama así?) de declaraciones anteriores por culpa de eso (lo que quiere decir doble trabajo).
Cada caso es un mundo, me parece que lo mejor que podéis hacer es ir todos los afectados a un gestor o, si alguno está sindicado, que le informen sobre si es una cosa u otra.