No, a pesar de estar en la misma estacion, Atocha cercanias son donde paran los trenes de cercanias y algunos de largo recorrido (por lo menos antes), Puerta de atocha es otra parte de la estacion donde estan los andenes de los Aves, Altarias y demas. Cuando pilles los billetes fijate bien a que parte te mandan, y en la estacion si tienes dudas pregunta en las taquillas o a los seguratas.
Adris, lo que tu comentas es para el metro, creo que unkblog se refiere a la estacion de Renfe.