Tampoco exageremos, mientras el MKV -MKV no es un formato de video, es un "contenedor de video"- tenga stream de video o audio bien codificados y respetando los estandares comerciales, estos se podran reproducir pefectamente en el casi cualquier aparato multimedia o en la PC.
MKV tambien es actualizado periodicamente con lo que hay que bajar la version mas reciente del HAALI MEDIA SPLITTER -tambien llamado mkatroska splitter- o del reproductor de video que uses para que tenga la version mas reciente del splitter matroska integrada. En aparatos multimedia tambien se requiere actualizar el firmware y se pueda manejar de manera apropiada el archivo MKV, ya que la actualizacion del firmware tambien actualiza el matroska splitter.
El problema puede ser la forma en que esta codificado el video, por ejemplo, en el formato h264 un exceso de frames reference -cuadros de referencia-, o usar un PERFIL HIGH con un NIVEL 5.0 o 5.1 -a 1080p el estandar comercial para video codificado a usarse en un BRD-VIDEO es de high@4.1 maximo-, estas malas elecciones de configuracion ocasionan que no sea reproducible de manera fluida en cierto hardware o incluso que no se pueda ver. Tambien pueda ser que este en un stream de video h264 a 10bit de color, lo comun es a 8bit, con 10bit se mejora mucho la calidad de imagen y se aumenta la compresion del video, pero conlleva a un 10-15% mas de procesaminto en la decodificacion, con lo que si tu hardware no es muy potente verias esos problemas que mencionas.
Usa Mediinfo para averiguar como esta codificado los stream de video y de audio en el contenedor matroska video -MKV- y da detalles de donde lo estas reproduciendo, si es un aparato multimedia o si es una PC indicas el procesador, memoria y tarjeta de video
http://mediainfo.sourceforge.net/Ejemplo en MediaInfo, este video fue creado precisamente para forzar lo mas posible el CPU y servir de BenchMark.
General
Nombre completo : Planet_Earth_From Pole_to_Pole_1080p_sample.mkv
Tamaño del archivo : 141MB
Duración : 1min.
Tasa de bits total : 19,7Mbps
Video
ID : 1
Formato : AVC
Formato/Info : Advanced Video Codec
Formato del perfil : High@L5.1
Ajustes del formato, CABAC : Si
Ajustes del formato, RefFrames : 16marcos
ID Códec : V_MPEG4/ISO/AVC
Tasa de bits : 18,9Mbps
Ancho : 1 920pixeles
Alto : 1 080pixeles
Relación de aspecto : 16:9
Modo de velocidad de cuadro : Variable
Velocidad de cuadro Original : 23,976fps
ColorSpace : YUV
ChromaSubsampling : 4:2:0
BitDepth/String : 10bits
Tipo de exploración : Progresivo
Default : Si
Forced : No
Audio
ID : 2
Formato : AC-3
Formato/Info : Audio Coding 3
Format_Settings_ModeExtension : CM (complete main)
Ajustes del formato, Endianness : Big
ID Códec : A_AC3
Duración : 1min.
Tipo de tasa de bits : Constante
Tasa de bits : 448Kbps
Canal(es) : 6canales
Posiciones del canal : Front: L C R, Side: L R, LFE
Velocidad de muestreo : 48,0KHz
BitDepth/String : 16bits
Demora del video : 8ms
Tamaño de pista : 3,22MB (2%)
Título : English (AC3)
Idioma : Inglés
Default : Si
Forced : No
