Pues..., yo creo que seria recomendable cojer y colocar ese paquete en tu propia rama de repositorio (como pueden ser los contrib, restricted, etc.)
Luego cojeria y deshabilitaria los repositorios oficiales del source.list de las instalaciones pues para algo te has hecho un repositorio propio.
Después en tu servidor de repositorio simplemente no bajes el paquete que quieres mantener como propio, así nunca habrá una versión mas alta disponible aunque llegado el punto podrías redirigirlo al tuyo personal mediante un enlace simbólico.
Otra opción es cojer y enviar un comando a todos los terminales (o incluso un script o paquete) que te bloqueara esa versión y usara la customizada.
Como ultima opcion..., renombra tu paquete con una version muy superior del paquete oficial y se acabo mientras lo ofreces desde tu servidor (repositorio o seccion extra creado)
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Creo que hay mil maneras, la mas eficaz supongo que depende de caracteristicas, experiencias, etc.