Entonces y segun dices estan a la misma velocidad de cuadro ambos videos, si es asi lo unico que se me ocurre es por mantener la relacion de pantalla [DAR] 2.35:1 [21:9] que recortaron, el reproductor tiene que hacer muchos calculos para poder mostrarlo correctamenmte en pantalla.
Un video panoramico en Bluray esta codificado a 1920x1080 [16:9] sin importar la DAR [16:9 o 21:9], luego en el contendor de video; en este caso MKV, se introduce la informacion de DAR que se debe usar en la reproduccion, asi un video ultrapanoramico se mostrara de manera 21:9 a pesar de que se codifico a resolucion 16:9. Como han recortado esos videos para codificarlos a 21:9 directmente, pues quiza el reproductor integrado le cueste trabajo el poder decidir que hacer y como centrar la imagen.
Por cierto, no existen 'franjas' negras, lo que ves es el fondo, lo que se ve en la pantalla esta formado por tres capas, una de fondo que regularmente es negra, otra capa donde se reproduce la imagen y otra hasta el frente donde se colocan los subtitulos y el OSD. Cuando la imagen reproducida llena la pantalla, pues el fondo no se ve, pero cuando la imagen no llena la pantalla ves el fondo, por eso en un televisor de DAR 16:9 cuando se reproduce video 4:3 ves el fondo a la izquierda y derecha de la imagen, y ciando se reproduce un video 21:9 se ve el fondo arriba y abajo de la imagen.
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