El contenedor es lo de menos, tambien voto por un HTPC [o PC para Home Theater], dado que es completamente versaltil al poder reproducir nuevos formatos de video y audio, o nuevos contenedores [MKV, MP4, AVI, FLV, OGM, RM/RMV, etc,., etc., etc.].
Por ejemplo, el nuevo formato de video MPEG-4 HEVC [H265], el cual dentro de poco sera usado en todos los servicios de video bajo demanda, llamese youtube o netflix, por ejemplificar, y al menos al mediano plazo no hay ningun aparato multimedia que soporte h265, pero en un HTPC es solo actualizar los decodificadores y listo.