Hombre, si era de 50GB y lo has pasado a la mitad.....es que has quitado cosas si o si. O bien has comprimido lo que tenías (que entonces se tira horas codificando) o simplemente has quitado cosas. Y el 2D te lo reproduce en un televisor normal, si no tienes el archivo 3D lo normal es que te haga eso, tira a reproducirlo pensando que está, pero se queda en negro (o da error al no existir) Supongo que habrás quitado los menús, sino, simplemente entra en la versión 2D.
Pero vamos que mirarlo es tan fácil como entrar desde el pc en ese Bluray y ver que archivos de video tienes. Y con el Dvdfab si lo cargas también puedes ver que hay varios archivos de video.