No soy ningún experto en el tema, pero no veo por qué la pila va a influir en la velocidad de guardado, si el chip donde se guardan los datos es memoria flash la pila no debería hacer ninguna diferencia. De hecho los Pokémon Rubí/Zafiro/Esmeralda originales cuando se les gasta la pila guardan igual y yo por lo menos no he notado ninguna diferencia en mi Esmeralda original con pila gastada. Me da que es algo de la repro, que su diseño interno no estará optimizado o quizá sus chips tengan poca calidad, no sé.
Yo he encontrado en ebay un vendedor que tiene repros de los Final Fantasy de GBA (roms europeas multi-lenguaje parcheadas con las mejoras de sonido y gráficos, ou yeah) y en su anuncio asegura que no usan pila, que guardan con flash. Lo malo es que es de Estados Unidos y lo mismo te clavan en las aduanas.
Estas repros parcheadas no las he encontrado en páginas asiáticas, si alguien lo hace me gustaría que me lo dijera porque me interesan. También ando buscando repros con fan traducciones de GB/GBC/GBA, pero no veo por ningún lado nadie que las venda.