¿Habeis probado de usar un FlashCard que os permita guardar y cargar los saves de los juegos, con el programa Rein (me parece que se llama asi) o el ActionReplay?
Deberias poder borrar la partida o por lo menos cargar otra, que si no es valida el mismo NDSBROWSER deberia borrarla.
PD: No he probado ninguno de los dos metodos pero en teoria deberian ir (no os puedo ayudar mas).