A ver, aqui lo importante es saber que hack tienes, hay 2 opciones: el coldboot, que es fijo y esta siempre activo o el normal, que tienes que ejecutarlo cada vez que enciendes o renicias la consola y ejecutes codigo sin firmar. Si tienes el primero quedate quietecito, porque se que si borras el juego que lo tiene instalado te quedas con un bonito brick, asi que imaginate una restauracion. Primero habria que desinstalar ese hack. Si tienes el segundo no hay problema, puedes restaurar sin problemas, se pierde pero cuesta poco de volver a poner, copiar unos archivos a la sd, entrar a una web y poco mas
Sobre los juegos del disco externo tambien falta saber como son. Si son juegos tal cual, ejemplo Mario y Luigi U, se ejecutan sin hack, si tienen algun update/dlc, ejemplo Zelda, entonces necesitan ejecutarse en un CFW, ya sea el Mocha o el Haxchi