Puedes formatear la consola. Se hace desde el menú de configuración.
Formatear la consola no borra la cuenta de la eShop, tendrás que hacerlo aparte, entrando el la propia eShop y seleccionando la opción de borrar la cuenta desde su menú. Si la borras no hay forma de recuperarla.
Ahora bien, si lo que quieres es pasar los datos de una consola a otra, lo puedes hacer seleccionando la opción de transferencia en la configuración de la consola.