En mame puedes definir las teclas. Aunque por defecto use F2, yo tengo una combinacion de botones.
También puedes definir la bios a usar.
../mame/ini/source/neogeo.ini
Es un archivo de texto. Si no lo tienes, lo puedes crear, con la siguiente línea:
bios = nombredelabios
No lo he probado en modo core.
Si en neogeo.zip hay una sola bios, va a usar siempre esa sin preguntar.