En Gnome3 la bandeja del sistema está dividida en 2, y los programas que "se minimizan ahí" ya no lo hacen donde indicas en la captura sino en la parte inferior derecha, has de mover el ratón hasta esa esquina.
De todos modos cualquier comportamiento puede ser modificado mediante alguna extensión, mira las que has instalado a ver. Mediante gnome-tweak-tool en sus últimas versiones puedes activar/desactivar extensiones a golpe de ratón.
