1.- Consejo: no instales Dios Mios, pásate a Nintendont (parecido a Devolution pero sin necesitar los originales) que se instala como cualquier otra aplicación en la tarjeta SD (carpeta apps) y así evitas instalar cosas en la NAND. Si aún quieres instalar Dios Mios, puedes bajarlo como wad desde el sitio de descargas oficial e instalarlo con un instalador de wads. No hay ningún riesgo de brick, ya que no estás instalando un canal de otra región o con un banner que podría estar corrupto.
2.- El HDD depende de la compatibilidad, pero particiones NTFS no funcionan, necesitas una en FAT32 tanto para Dios Mios como para Nintendont. En caso de Dios Mios, además, esa partición FAT32 dene ser la primera de todas las particiones que hayas creado en el HDD.
3.- Actualizar las aplicaciones no va a causarle nada al homebrew de la consola. Sin embargo, es mejor que actualices las aplicaciones manualmente, al menos ahora, ya que si tienes versiones muy antiguas de las mismas es posible que te digan que no hay actualizaciones si intentas actualizar directamente desde ellas mismas.