RetroArch aún no soporta el cambio de drivers al vuelo, es decir, si usas gl y configuras en opciones para usar determinado core en Vulkan, no te irá.
Lo que hace la gente es tener 2 instalaciones de RA y ejecutar la de GL o Vulkan según necesidad.
Por lo menos hasta que se acabe de arreglar lo anteriormente mencionado, es el único camino viable.