Cambia la consola a 50 Hz. Para ello debes hacerlo no con el cable VGA sino con el de componentes o el RCA. Una vez hecho, conecta de nuevo el VGA y pon la pantalla a 640x480.
Si lo se, es un coñazo, pero es lo que hay. Yo la tengo enchufada por VGA, pero cuando quiero jugar a retrocompatibles (salvo contadas excepciones como Halo 2 o GTA San Andreas), lo hago mediante el cable de componentes.
Salu2 !