Bueno en mi opinión creo que afectan más las bobinas que el que los cables vayan juntos, yo suelo separar el cpu rst del resto hasta que se juntan a la altura del chip.
El posbit puedes subirlo por la parte izquierda de la placa y sacarlo por un agujero de los 4, el del hana si usas el alternativo igual, y el pll puedes usar uno de los agujeros de la clamp y paralelo a el disipador hasta el chip, y el cpu bien por debajo al canto de la placa y subirlo luego saliendo a ras del conector de los ventiladores o bien por arriba soldado a la resistencia y paralelo al disipador igual que el plll.
Yo los paso así y me arrancan al primer glitch.
Yo te recomiendo que primero pruebes con otro timing.
Si fueran interferencias la consola aunque no arrancase o tardara en hacerlo seguiría mandando impulsos, que haga un solo intento parece muy raro.
Sólo tienes ese chip? No tienes otro para probar por si fuera problema del chip?